بعد از تشکیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در سال 1364، و به منظور بهبود برنامه‌های تربیت نیروی انسانی در گروه علوم پزشکی و کمک به رشد و بالندگی اعضای هیات علمی دانشگاه‌های علوم پزشکی، مرکز توسعه آموزش در سال 1368 در معاونت آموزشی این وزارت راه اندازی شد. مرکز توسعه آموزش در سال 1372 با مرکز مطالعات برنامه‌ریزی آموزشی ادغام شد و مرکز جدید با نام «مرکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی» مسئولیت سیاستگذاری، برنامه‌ریزی، هماهنگی، نظارت و ارزیابی فعالیت‌های مراکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی دانشگاه‌ها و دانشکده‌های علوم پزشکی را بر عهده گرفت.

در این راستا مرکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی دانشگاه علوم پزشکی قزوین فعالیت خود را به عنوان یکی از زیر مجموعه های حوزه معاونت آموزشی از سال 1374 آغاز نموده است.